A vignette of Illumina Methylation Analyzer (IMA)

3 An example of workflow 2 3.1 Loading data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 3.2 Data preprocessing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 3.3 Differential statistical analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 3.3.1 Site level analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 3.3.2 Region level analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 3.4 Annotation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 3.5 Analysis of the methylation on user-selected CpG sites or regions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 3.6 Adjusting confounding factors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8